Moltissime specie di Chirotteri rischiano l'estinzione, minacciate dalla distruzione dei loro rifugi, dalla scomparsa dei loro habitat di caccia, dalla diffusione dei pesticidi e dalla persecuzione diretta dell'uomo, che li reputa erroneamente pericolosi, demoniaci vampiri e portatori di malattie.
L'Italia ha aderito al programma internazionale EUROBATS, che coordina gli sforzi di conservazione dei Chirotteri europei.
La più grave minaccia degli ultimi anni, oltre all'uomo, arriva da un fungo, lo Pseudogymnoascus destructans, che causa una gravissima malattia, detta “Sindrome del Naso Bianco”, per la crosta bianca che si forma sul naso, sulle ali e sulle orecchie degli esemplari infetti.
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